Em 2010, tornou-se pública a existência de um ossário clandestino no Cemitério Municipal de Parelheiros. A descoberta ocorreu durante a gestão do administrador Laércio Ezequiel dos Santos, que encontrou um poço sob um alçapão localizado abaixo de sua mesa na sala da administração. Desprovido de qualquer registro, o poço abrigava centenas de ossadas igualmente não registradas. As desconfianças em relação a este poço aumentam em razão da proximidade entre o cemitério e a Fazenda 31 de Março, local usado clandestinamente por agentes da repressão durante a ditadura civil-militar para prender e torturar opositores políticos. Na época, os cemitérios municipais eram usados para ocultar corpos dos assassinados pela repressão, sendo bastante comum a criação de valas ou ossários clandestinos. O cemitério continua em funcionamento.
