Manoel iniciou a sua militância política no movimento estudantil, quando era aluno na Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (USP). Era militante da Ação Libertadora Nacional (ALN) e havia entrado na clandestinidade quando foi vítima de emboscada dos órgãos da repressão, no dia 23 de setembro de 1971. Nesta data, Manoel José Mendes Nunes de Abreu, Antônio Sérgio de Mattos, Ana Maria Nacinovic Corrêa e Eduardo Antônio da Fonseca, todos militantes da ALN, foram vítimas de uma emboscada engendrada pelos órgãos de segurança na rua João Moura, no bairro Sumarezinho, na cidade de São Paulo. Os agentes da repressão colocaram na rua um jipe do Exército aparentemente com problemas e à volta dele, em um caminhão baú do jornal Folha de S.Paulo, estavam escondidos os agentes do DOI-CODI/SP portando metralhadoras. Da ação resultou a morte de três dos quatro militantes, incluindo Manoel José. Ana Maria Nacinovic Corrêa conseguiu escapar sem ser presa, sendo morta no ano seguinte, em 14 de junho de 1972. A falsa versão divulgada pela repressão registrou que os três militantes morreram no local ao tentar assaltar o jipe. Diversos pontos sugerem contradições em relação à versão divulgada, como os laudos necroscópicos e a falta de perícia do local do tiroteio. Nos laudos, existem evidências de tortura no corpo dos três militantes, além das trajetórias de bala indicarem que foram atingidos enquanto dominados e ajoelhados. O depoimento no processo de Maria Fernanda Mendes de Abreu, irmã de Manoel, juntado ao processo da CEMDP, corrobora a hipótese de que Manoel foi preso e morto sob tortura. Ela relata que os companheiros de militância de seu irmão informaram que ele foi morto no DOI-CODI de São Paulo quando era submetido à tortura chamada “Coroa de Cristo”. Em requerimento de indenização encaminhado à Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos (CEMDP), Maria Fernanda afirmou, ainda, que depois de receber o corpo de Manoel de policiais do DOI-CODI/SP, sob a exigência de sigilo, verificou que apesar de a cabeça dele não apresentar perfuração, se encontrava afundada, em consonância com a informação que recebeu dos companheiros de organização de seu irmão. No dia 26 de setembro de 1971 Manoel foi sepultado pela família no Cemitério da Vila Formosa em São Paulo.
